Nachdem 1539 die Bevölkerung evangelisch geworden war, hatten die späteren katholischen Harburger fast 300 Jahre lang keine eigene Kirche. Sie gehörten zur katholischen Nachbargemeinde Hoppingen.
Nach großen Anstrengungen des "Geselligen Vereins der Katholiken Harburgs", der eigens zum Zwecke des Kirchenbaus von den Katholiken Harburgs gegründet worden war und der auch Bauträger war, wurde am 3. Mai 1903 nach dreijähriger Bauzeit die Herz-Jesu-Kirche eingeweiht.