Die erste urkundliche Erwähnung fällt in das Jahr 1093. Im 11. Jahrhundert gab es vermutlich auch eine erste Kirche aus Holz, die wohl bereits Nikolaus geweiht war. Die Verehrung dieses Heiligen wurde im 11. Jahrhundert besonders gefördert. Die Pfarrei Oberndorf bestand bereits um 1180, zwischen 1170 und 1180 wird eine "ecclesia" (wohl eine Pfarrkirche) urkundlich erwähnt. Berta de Sciringen schenkte diese Kirche und die Kirchenstiftung dem Augsburger Stift St. Ulrich und Afra. Bis ins 16. Jahrhundert lag die Grundherrschaft beim Ortsadelsgeschlecht der Marschälle von Oberndorf. 1533 änderten sich die Verhältnisse vor Ort: Der letzte Herr von Oberndorf verkaufte Schloss und sämtliche Besitzungen an Anton Fugger (1493-1560). Ein Eintrag in der Zeit von Markus Fugger (1529-1597) verweist auf ein neues Gotteshaus (zweite Kirche) mit drei Altären zu Ehren von St. Nikolaus, St. Georg und der allerseligsten Gottesmutter. Das im 30jährigen Krieg weitgehend zerstörte Bauwerk wurde wohl bis zum Jahre 1693 wieder einigermaßen hergerichtet. Bei der Vergrößerung 1773 (dritte Kirche) blieb aber nur das Presbyterium teilweise erhalten. Unterlagen über den Turmbau fanden sich nicht, doch darf man davon ausgehen, dass auch der Turmunterbau noch von der früheren Kirche stammt. (Die Kuppel wurde erst 1837 aufgesetzt.) Neu errichtet wurde das Langhaus, und zwar um das jetzige Emporenjoch länger und um drei Schuh höher als der Altbau. Die nach den Plänen des Wettenhauser Stiftsbaumeister Josef Dossenberger d. J. (1721-1785) projektierte Pfarrkirche entstand 1773 bis ca. 1775. Es entsteht ein geräumiger Saalbau mit reichen Stuckdekorationen. Der Stuckator findet in der Literatur leider keine Erwähnung. Dieser könnte zum Teil Dossenberger selbst gewesen sein bzw. "Laurentius Hieber Stuccador von Neresheim" der in einer Rechnung von 1773 erwähnt wird und 200 fl. erhielt, dürfte zumindest an den Arbeiten beteiligt gewesen sein. Die beeindruckenden Fresken schuf Joseph Leitkrath (1738-1811) um 1774-1776 aus Donauwörth. Der 1781 von Johann Michael Fischer (Dillingen) gefertigte Hauptaltar weist vier Säulen und krönende Vasen auf, das Altarblatt mit dem Patron St. Nikolaus fertigte ebenfalls Leitkrath. Darüber erinnert das Wappen des Fuggerschen Fürstbischofs von Regenburg Anton Ignaz Graf Fugger an dessen Finanzbeitrag. Der Auszug trägt ein Bild des hl. Erzengel Michael, Patron der "Bruderschaft vom hochwürdigsten Gut", die 1776 von Papst Pius VI. genehmigt wurde. Sie ist mit mehreren Ablässen ausgestattet und zugleich der Erzbruderschaft der ewigen Anbetung an der Kollegiatskirche der Rotunda in Rom angeschlossen. Der Marienaltar (linker Seitenaltar) wird ebenfalls Fischer zugerechnet. Der Franziskusaltar (rechter Seitenaltar) zeigt in 30 kleinen Reliefs Szenen aus dem Leben und Wirken Jesu bis zu dessen Verherrlichung, im Mittelbild die Stigmatisation des Hl. Franz von Assisi. Über die Herkunft und den beachtenswerten Künstler weiß man nichts, es wird aber nicht ausgeschlossen, dass es sich hierbei um den Augsburger Meister Hans Kels (Vater u. Sohn, 16. Jahrhundert) handeln könnte. Allerdings wird vermutet, dass die Franziskusdarstellung später entstand. 1776 erhält die Kirche auch eine neue Orgel sowie die Kanzel, gestiftet vom Fuggerschen Pfleger Joh. Christoph Bernhard de Gratter (+1769) und seine Frau Maria Barbara (+1760) vermutlich posthum, wenn man die Entstehungszeit wie in der Literatur angegeben beibehalten möchte. Am 26. August 1781 weihte der Augsburger Weihbischof von Augsburg, Johann Nepomuk August Freiherr von Ungelter die Pfarrkirche ein. Diese Pfarrkirche ist ein qualitätsvolles Beispiel des Rokoko.
